『女王の教室』の舞台となったのは、ごく普通の公立小学校である「首座立中城小学校」の6年3組です。新学期早々、担任となった阿久津真矢が導入した「テストの成績順による特権階級制度」や「成績下位者への雑用係（代表委員）強制」によって、クラスは当初疑心暗鬼と恐怖に支配されました。しかし、理不尽な試練の中で生徒たちは連帯し、自立への道を歩み始めます。
キャスティングにあたっては、数十倍とも言われる厳しいオーディションが実施され、当時の子役界の精鋭たちが集結しました。物語の中核を担った主要生徒と教師陣の相関図・役名一覧は以下の通りです。
【6年3組】主要生徒役一覧（出席番号順・主要キャラクター）
・神田和美（演：志田未来）：本作の主人公。明るく心優しいが勉強は苦手。理不尽な環境下でも諦めず、クラスの結束の中心となる。
・真鍋由介（演：松川尚瑠輝）：お調子者でムードメーカーだが、複雑な家庭環境を抱え大人びた洞察力を持つ。和美の最大の理解者。
・進藤ひかる（演：福田麻由子）：常に冷静沈着な優等生。かつての担任とのトラウマから心を閉ざしていたが、和美と心を通わせる。
・馬場久子（演：永井杏）：内気で絵を描くことが得意。真矢のスパイ役を命じられ苦悩するが、和美との友情を通じて立ち上がる。
・田端美千代（演：伊藤沙莉）：クラスのボスママ的存在・内藤サチに追従し、和美を追い詰めるグループのサブリーダー格。
・内藤サチ（演：梶原ひかり）：裕福な家庭で育ちプライドが高い、女子グループのリーダー。テスト問題の盗難事件を引き起こす。
・西川浩一（演：酒井翔太郎）：男子グループの中心で、序盤は由介を孤立させようとする。
・島田マリ（演：鎌田栞）：ダンスが得意で活発な女子生徒。
・宮内英二（演：森本更紗）：真矢に反発しながらも次第に自立心を芽生えさせていく男子生徒。
【教師陣・保護者】阿久津真矢を取り巻くキャスト陣
・阿久津真矢（演：天海祐希）：6年3組担任。感情を表に出さず、徹底的な現実主義と冷徹さで児童に立ち向かう。
・天童しおり（演：原沙知絵）：6年2組担任。理想主義的な新米教師で、真矢の指導方針に激しく反発する。
・並木平三郎（演：内藤剛志）：学年主任。ことなかれ主義のベテラン教師だが、真矢の過去に疑念を抱く。
・天童喜一（演：平泉成）：校長。真矢の過去を知りながらも彼女を招聘した理解者。
・神田章子（演：羽田美智子）：和美の母親。娘への過保護と真矢への不信感の間で揺れ動く。
