大歩危峡は四国の山間部に位置するため、アクセスルートと周辺観光の動線設計が旅の快適さを大きく左右します。
マイカーやレンタカーを利用する場合、高知自動車道「新宮IC」または「大豊IC」から国道32号線を経由して約30〜40分で到着します。発着点となる「大歩危峡まんなか」には普通車約150台・大型バス約20台を収容可能な大型無料駐車場が完備されており、駐車に関するストレスは比較的少ない構造です。
公共交通機関を利用する場合は、JR土讃線「大歩危駅」が起点となります。大歩危駅から遊覧船乗り場（大歩危峡バス停）までは、四国交通バスを利用して約5分でアクセス可能です。ただし、地方路線バスのため運行本数が1時間に1本程度、時間帯によってはそれ以上の間隔が開くため、列車の到着時刻とバスの接続ダイヤを事前に綿密にすり合わせておく必要があります。健脚であれば駅から徒歩約20〜25分で歩くことも可能ですが、歩道が狭い箇所もあるため基本はバスやタクシーの利用が安全です。
周辺観光の連携としては、日本三奇橋の一つに数出される「祖谷のかずら橋」との周遊が王道ルートです。大歩危峡から祖谷のかずら橋までは車で約20〜25分の距離にあり、「遊覧船乗船（約1時間）→かずら橋散策・祖谷そばランチ（約2時間）→小便小僧・祖谷渓展望（約1時間）」という半日モデルコースが極めてスムーズに成立します。
