無症状期を越えて発症期（エイズ期）へ突入すると、免疫機能の破綻に伴う様々な猫エイズの末期症状が表面化します。
主な兆候は以下の通りです。
・急激な体重減少と慢性の衰弱
・治らない下痢や難治性の皮膚炎・呼吸器疾患
・貧血や悪性リンパ腫などの腫瘍性疾患
・口腔内の重度な炎症・潰瘍
中でも多くの猫を苦しめるのが、口の中に激しい潰瘍や肉芽ができる難治性口内炎です。痛みのあまり食事や水分が摂れなくなり、体力が急速に奪われていきます。
この猫エイズに伴う口内炎の治療法としては、従来のステロイドや抗生剤の対症療法に加え、免疫調整を目的とした猫エイズのインターフェロン治療（ネコインターフェロンオメガ製剤の局所投与や全身投与）が広く活用されています。炎症が激しい場合には、早期の全臼歯抜歯または全抜歯手術によって痛みの発生源を取り除く外科的アプローチが有効な選択肢となります。
