東海道を移動する際、新幹線以上にトイレの有無が生死を分けるのが「在来線東海道線（本線）」の普通・快速列車です。長距離を直通する路線でありながら、運行事業者や編成両数によってトイレの設置場所が全く異なります。
JR東日本区間（東京〜熱海・沼津）：1号車・11号車・グリーン車が鉄則
首都圏の上野東京ラインや湘南新宿ラインを走るE231系・E233系（10両または15両編成）では、トイレの場所は明確に固定されています。基本編成（1〜10号車）の1号車、増結編成（11〜15号車）の11号車、そしてグリーン車である5号車です。
特に注意が必要なのは、4号車と5号車に連結されている2階建てグリーン車のトイレ事情です。トイレユニットは5号車の熱海・小田原寄り（4号車との連結面デッキ）に設置されています。普通車指定席のような設備ですが、デッキ自体は普通車の乗客が通り抜けることも物理的には可能です。ただし、朝夕の通勤ラッシュ時に普通車からグリーン車デッキのトイレへ遠征することは、グリーン料金を支払っている乗客との心理的摩擦を生みやすいため、原則として自車輌側の1号車または11号車を目指すのが現場の暗黙のルールとなっています。
JR東海区間（熱海〜静岡〜豊橋）：長年恐れられた「トイレなし問題」の劇的変化
鉄道ファンや青春18きっぷユーザーの間で長年「静岡の苦行」と恐れられてきたのが、JR東海・静岡地区のロングシート車両にトイレが付いていない問題でした。かつて主力だった国鉄型211系（3両・2両編成）は車内にトイレが一切なく、熱海から浜松まで2時間以上缶詰めになる乗客にとって極度の恐怖となっていました。
しかし、2022年から投入が開始された新型車両「315系」への置き換えが2025〜2026年にかけてほぼ完了し、状況は一変しました。現在静岡区間を走る315系および313系には、全列車にバリアフリー対応の洋式トイレが完備されています。編成中の下り寄り（浜松・豊橋方面）または上り寄り（熱海方面）の先頭車に確実にトイレが設置されており、かつてのような「どの列車に乗ってもトイレがない」という悪夢は完全に過去のものとなりました。
JR西日本区間（米原〜京都・大阪〜姫路）：新快速のトイレ配置
米原以西を疾走するJR西日本の「新快速」（223系・225系）は、8両または12両で運転されます。トイレは基本編成の1号車（播州赤穂・姫路寄り）および付属編成の9号車（米原・敦賀寄り）の車端部に大型車いす対応トイレが設置されています。時速130キロで激しく揺れる車内移動を避けるためにも、乗車前に先頭車両寄りの号車を選んでおくことが鉄則です。
