一方で、あらゆる施設に弱点が存在するように、スマートステイSHIZUKU上野駅前を利用する上で絶対に把握しておくべき「盲点」も存在します。ネット上のネガティブなレビューの多くは、以下の3点に集中しています。
第一にピークタイムの混雑とサウナ待ちです。平日の18:00〜21:00、および土日祝日の午後は、近隣のビジネスパーソンやサウナファンが集中します。サウナ室は定員6名程度、水風呂は2〜3名とコンパクトなため、混雑時には「ととのい椅子」が埋まり、サウナ室の前で待機列ができるケースが報告されています。ゆったりと瞑想的なサウナ浴を楽しみたい場合は、平日の午前中（10:00〜14:00）や深夜帯を狙うのが鉄則です。
第二にカプセルルーム特有の音環境です。消防法の規定上、カプセルユニットの入口は完全密閉のドアではなくロールスクリーン（カーテン）仕切りとなっています。館内放送やスタッフの定期巡回によるマナー啓蒙は徹底されているものの、周囲のいびきや荷物を整理するビニール袋の摩擦音、アラーム音はどうしても漏れ聞こえます。音に敏感な方は、フロントで配布されている無料耳栓の着用が必須です。
第三に歓楽街（仲町通り周辺）に隣接する立地環境です。JR上野駅不忍口から中央通りを渡ったすぐの路地に位置するため、夜間は客引きや通行人の喧騒が目立ちます。駅からの最短ルートを通れば女性一人でも危険はありませんが、夜遅い時間帯のチェックイン時には周囲の雰囲気に少し留意しておく必要があります。
