通学環境や通学路の安全性は、3年間の通学を左右する重要項目です。第二南砂中学校の学区は江東区南砂1丁目付近を中心に広がっており、周辺には仙台堀川公園などの豊かな緑地や公営・民間の集合住宅、落ち着いた住宅街が広がっています。
最寄り駅の一つである東京メトロ東西線「南砂町駅」周辺は、駅の大規模改良工事や商業施設（SUNAMO・トピレックプラザ等）の充実により、日中から夜間にかけて人通りが多く、街灯や防犯カメラの整備が進んでいます。江東区が誇る地域見守りネットワークやPTA・防犯ボランティアによるパトロールも機能しており、周辺治安は極めて良好な水準を維持しています。
江東区では「学校選択制（指定校変更制度）」が導入されているため、第二南砂中学校の指定学区外から選択して入学することも可能です。大規模校で埋もれてしまうことを懸念する保護者が、目が行き届きやすい教育環境を求めて第二南砂中学校を希望するケースも見られます。
