武漢ウイルス研究所に対する世論の反応は、国内外で大きな温度差と分断を生み出しました。日本のネットコミュニティ（5ちゃんねるやX、Yahoo!ニュースのコメント欄など）では、当初から「武漢の市場からコウモリウイルスが発生したという説明には無理がある」「研究所の立地と符合しすぎている」といった直感的な流出説支持が根強く存在していました。米政府機関の報告書が次々と更新されるにつれ、「陰謀論とレッテルを貼っていたメディアや専門家は謝罪すべきだ」というメディア不信へと発展した経緯があります。
一方で、国際学術界の内部でも深刻な亀裂が生じました。パンデミック初期に英医学誌『ランセット』に掲載された「研究所流出説を陰謀論として非難する科学者声明」を主導した研究者が、前述のエコヘルス・アライアンス代表であり、武漢研究所と直接的な利害関係を持っていたことが暴露されたためです。科学的な客観性よりも、研究資金や国家間の政治的配慮、さらにはウイルス研究への規制強化を恐れる自己保身が優先されたのではないかという疑念は、科学コミュニティ全体の信頼を大きく揺るがす結果となりました。
