家庭でマゴチを調理する際、最大の関門となるのが独特の偏平骨格と鋭利なトゲの存在です。人気料理動画チャンネル『自宅居酒屋 勇士』の解説でも実演されている通り、安全かつ綺麗に捌くためには「包丁を入れる前の下準備」が仕上がりの8割を決定づけます。
第一に警戒すべきは、背ビレ・胸ビレ・エラブタの両脇にある鋭利な棘（トゲ）です。毒成分による激痛や化膿のリスクを避けるため、調理開始直後にキッチンバサミで全てのヒレと側頭部の棘を根元から切り落とします。その後、金タワシや包丁の背を使って細かいウロコを徹底的にこそぎ落とし、ぬめりを洗い流します。
捌き方の手順は以下の通りです：
1. 頭部と胴体の切り離し：腹ビレの後ろからエラ蓋の後ろへ向け、斜めに包丁を入れて中骨を断ち切る。
2. 内臓の摘出と腹腔の洗浄：内臓を傷つけないよう引き抜き、背骨に沿った血合い肉を歯ブラシ等で完全に掻き出して冷水で流す。
3. 腹開きから三枚おろし：マゴチの断面は平たいため、通常の魚のように背と腹から均等に刃を入れるのではなく、中骨の傾斜に沿って刃を水平に滑らせる感覚で三枚におろす。
4. 腹骨と中骨のすき取り：身の真ん中に走る血合い骨は非常に硬いため、毛抜きで抜くよりも、骨のラインに沿ってV字に切り落とす方が身を傷めない。
寄生虫対策としては、初夏の沿岸魚全般に言えることですがアニサキスへの配慮が不可欠です。内臓表面や腹腔膜周辺を目視で入念に点検し、怪しい白色の渦巻き状異物があれば削ぎ落とします。生食に不安がある場合や数値を気にする店舗基準では、マイナス20度で24時間以上の冷凍処理を行うか、加熱調理を選択するのが賢明です。
内臓系の処理についても注意を払う必要があります。マゴチの肝（キモ）は脂が乗って美味ですが、鮮度が落ちた個体や生食は厳禁です。胆のう（苦玉）を絶対に潰さないよう丁寧に外した肝のみを、酒で洗った後にしっかりと蒸すか煮付けることで、アンコウに匹敵する濃厚な珍味となります。また、抱卵個体の卵巣（真子）は生姜煮にすると絶品ですが、初夏の産卵直前の巨大化した卵巣は身の栄養を吸い取っている証拠でもあるため、身の味とのトレードオフを理解しておく必要があります。
