現在の極東会の組織図は、会長を頂点に理事長、本部長、幹事長などの主要役職が脇を固め、その配下に多数の二次団体が連なる構造となっています。伝統的な的屋一家の「親分子分」「舎弟」関係をベースにしながらも、現代的なピラミッド型の指揮系統が敷かれています。
中核を担う直系組織としては、松山元会長の直系である「松山連合会」をはじめ、「研谷一家」「眞誠会」などが知られています。これらの傘下組織が各エリアの露店営業や地域拠点を統括し、会全体の屋台骨を支えています。しかし、近年の警察による使用者責任追及や構成員の減少に伴い、直系組織の統廃合や役員人事の刷新が頻繁に行われています。
