小学校卒業後の進路設計において、聖賢小学校の進学先中学校は原則として校区が接続している大阪市立蒲生中学校となります。蒲生中学校は部活動や学習指導に定評があり、小学校時代からの友人関係をそのまま引き継いでスムーズに中学生生活へ移行できる安心感があります。
一方で、近年の教育熱の高まりを反映して、中学校への進学時に私立中学校や大阪府立・市立の中高一貫校を受験する家庭も一定の割合を占めています。特に京橋駅や鴫野駅周辺には大手進学塾が多数集結しているため、低学年・中学年次から通塾をスタートさせる児童も珍しくありません。
公立中高一貫校として人気の高い大阪市立咲くやこの花中学校や水都国際中学校、さらにはJRや地下鉄各線を利用して大阪・京都・奈良方面の難関私立中学校へ通学する児童もおり、多様な進路選択が可能な環境が整っています。
