被害者およびその遺族は、執刀医と赤穂市（病院開設者）を相手取り、損害賠償を求める民事訴訟を提起しました。一連の裁判において、裁判所は執刀医の過失を明確に認定するとともに、病院側の管理責任についても厳しく言及しました。
判決では、医師が基本的な手術手技を怠った直接的な医療過誤だけでなく、「重大事故が連続している状況を把握しながら、漫然と手術を担当させ続けた病院側の監督過失」が明確に断じられました。赤穂市側には数千万円から1億円を超える多額の損害賠償支払いが命じられ、市議会でも損害賠償金の補正予算案を巡り激しい議論が交わされました。
刑事責任の追及においても、警察への告訴状提出や書類送検が行われ、医療事故における刑事責任の境界線についての議論が活発化しました。院長コメントや市の記者会見では謝罪と再発防止の誓約が繰り返されましたが、被害者家族が味わった苦痛と失われた日常の重さを埋めるには至っていません。
