赤ん坊の頃に両親を闇の魔法使いヴォルデモートに奪われ、意地悪な親戚ダーズリー一家の階段下の物置で過酷な日々を強いられていた孤独な少年ハリー・ポッター。11歳の誕生日に届いたホグワーツ魔法魔術学校からの入学許可証と、森の番人ハグリッドの来訪によって、自身が魔法使いであるという出自を知らされます。
ロンドン・キングスクロス駅の9と3/4番線からホグワーツ特急に乗り込んだハリーは、心優しい少年ロン・ウィーズリーや聡明で真面目な少女ハーマイオニー・グレンジャーと出会い、生涯の友情を育みます。グリフィンドール寮に組分けされたハリーは、箒に乗る飛行術やクィディッチのシーカーとしての卓越した才能を開花させていく一方で、学校の禁じられた4階の廊下に隠された「触れるものを黄金に変え、永遠の命をもたらす“賢者の石”」の存在に辿り着きます。
校内で不穏な動きを見せる魔法薬学の教授セブルス・スネイプを黒幕だと疑うハリーたち3人は、賢者の石強奪を阻止すべく、三頭犬フラッフィーや巨大チェスなど数々の過酷な防衛トラップを突破。最奥の部屋でハリーを待ち受けていたのは、普段は気弱でおどおどしていた闇の魔術に対する防衛術の教師、クィレル先生でした。
