多くのファンに惜しまれながら営業休止を余儀なくされた最大の理由は、施設の深刻な老朽化と機械設備の故障です。
清川高原保養センターは昭和の開館から長年にわたり稼働してきた木造・鉄骨構造の施設であり、建物の傷みはもちろんのこと、源泉を送る配管ラインや源泉を加温するボイラー設備の経年劣化が著しく進行していました。幾度もの修繕を重ねて維持されてきましたが、最終的に抜本的な改修を行わなければ安全な営業を継続できない水準に達したことが、休館への直接の引き金となりました。
さらに背景には、只見町における公共施設マネジメント（公共施設の統廃合・最適化）の課題も存在します。人口減少や財政負担の観点から、多額の公金を投じて旧来の施設を単独で修繕・維持することが難しくなり、一時的な修繕ではなく「抜本的な再編方針の策定」が求められることとなった経緯があります。
