岡田氏の外交論において、最も論争を呼んだテーマの一つが尖閣諸島（沖縄県石垣市）を巡る見解です。日本政府の一貫した立場は「尖閣諸島を巡り解決すべき領有権の問題はそもそも存在しない」というものです。しかし、岡田氏は過去のシンポジウムや講演において、「実質的に領有権を主張してくる中国が存在する以上、双方が主張し合う『議論の存在』そのものは否定できない」という趣旨の発言を行ったことがあり、これが保守派から「領有権問題が存在しないという政府見解を自ら崩した」として猛烈な批判を浴びました。
岡田氏自身は著書やインタビューの中で、領有権が日本にあることは国際法上も歴史上も明白であると繰り返し言明しています。その上で、「現実に対立が存在していることすら認めずに思考停止していては、偶発的な軍事衝突を防ぐホットラインや対話の枠組みを作れない」というプラグマティックな外交的意図を持っていたと弁明しています。
また、過去の訪中経緯においても、岡田氏は中国指導部とのパイプを重視し、温家宝首相（当時）や外交担当トップとの会談を重ねてきました。対話を閉ざさない姿勢は外交官出身の官僚や一部の国際政治学者からは一定の評価を得たものの、中国公船が接続水域や領海へ頻繁に侵入を繰り返す実態を前に、世論には「融和的すぎて中国の既成事実化を許している」と映る結果となりました。
