千日回峰行において、最大の難関にして生死の境界とされるのが「堂入り」である。比叡山では700日を満行した行者にのみ、この儀式への挑戦が許される。
無動寺谷の明王堂に籠り、足掛け9日間（丸7昼夜半）、一切の飲食を断ち、睡眠をとらず、横になることも禁じられる。堂内では不動明王の真言を十万遍唱え続け、深夜2時には井戸へ水を汲みに行く「水汲み」の儀式を行う。汲んだ水は不動明王に捧げるのみで、行者自身が一滴たりとも口に含むことは許されない。
医学的に見れば、水分を補給しない人間は通常4〜5日で死に至るとされる。堂入り中の行者の体内では血液が極限まで濃縮され、内臓機能は低下し、皮膚からは死臭に似た特有の体臭が漂い始める。堂入りの後半には、数キロ先の山で線香を焚く匂いや、谷川のせせらぎの一滴の音が判別できるほど感覚が研ぎ澄まされるという。
堂入りを成し遂げた上原行照大阿闍梨をはじめとする歴代の阿闍梨たちは、この極限状態の中で「自分という個の意識が消え去り、生かされている宇宙の命そのものを実感した」と証言する。肉体の死を疑似体験し、不動明王と一体となって蘇るこの通過儀礼は、仏教界・宗教界において「生身の不動明王」の誕生を意味する神聖な瞬間なのだ。
