腸内環境研究の権威として知られる辨野義己博士をはじめとするエキスパートたちは、腸内細菌のバランス、いわゆる腸内フローラを整える上での納豆の有用性を高く評価している。納豆に含まれる納豆菌は驚異的な生命力を持ち、胃酸の荒波を越えて生きたまま大腸に到達し、善玉菌の増殖を力強くサポートする。
しかし、良質な食材であっても万能ではない。大量の不溶性食物繊維が咀嚼不足のまま大腸に届くと、腸管内の水分を吸収して便が固くなり、かえって便秘を悪化させたり、ガスが溜まって激しい腹痛を引き起こしたりすることがある。快調をもたらすはずの発酵食品が腹痛の引き金になるか否かは、消化プロセスへの配慮にかかっているのだ。