一見すると過剰なサービス描写に見える操縦姿勢や設定ですが、作品全体のプロットを紐解くと、極めて重厚な伏線とテーマ性が込められていることが分かります。
物語の舞台となる移動要塞都市「プランテーション」の大人たちは、不老不死の技術を手に入れた代償として生殖機能と感情を完全に喪失しています。一方、兵器のパーツとして集められたコドモたちは、男女のペアでしかフランクスを動かすことができません。つまり、フランクスの操縦システムそのものが、失われた「男女の交わり」と「生命の再生産」のメタファーになっているのです。
叫竜（きゅうりゅう）と呼ばれる敵の正体や、コドモたちを管理する統治組織「APE」の真の目的、そして宇宙から襲来する侵略者「VIRM」との対立など、物語が進むにつれて明らかになる壮大な真実。生身の人間として互いを求め合い、愛を知り、新しい命を未来へと繋いでいくという根源的な人間賛歌こそが、本作の真のテーマでした。
