両サービスの根本的な違いを理解するうえで避けて通れないのが、旧国鉄の分割民営化によって生じた「JR各社の管轄エリアの壁」である。ネット上では「どちらか一方に登録しておけば全国の新幹線を網羅できる」という誤解が散見されるが、これは明確な誤りだ。
「えきねっと」は、JR東日本がプラットフォームを提供し、JR北海道エリアを含む東日本エリアの新幹線（東北・北海道・上越・北陸・山形・秋田新幹線）に強みを持つ。乗車券と特急券が一体となった「新幹線eチケットサービス」を主軸とし、北陸新幹線の金沢・敦賀方面へのアクセスもカバーする。JR東日本管内の新幹線をチケットレスで利用する場合の第一選択肢は、例外なくえきねっとである。
対する「スマートEX」は、JR東海・JR西日本・JR九州の3社が共同で運用する「EXサービス」のエントリーモデルである。対象区間は、日本の大動脈である東海道新幹線（東京〜新大阪）、山陽新幹線（新大阪〜博多）、そして九州新幹線（博多〜鹿児島中央）および西九州新幹線（武雄温泉〜長崎）だ。日本の東西を貫く東海道・山陽新幹線をチケットレスかつスピーディーに予約するための専用システムとして設計されている。
ここで多くの旅行者を混乱させるのが「東海道新幹線をえきねっとで予約できるのか」という疑問だ。結論から言えば、えきねっと上で東海道新幹線の指定席を予約すること自体は可能である。しかし、それは「駅の指定席券売機で紙の切符を受け取る」ことが前提の通常予約であり、交通系ICカードをタッチして改札を抜けるチケットレス乗車や、後述する独自の早割特典は一切適用されない。同様に、スマートEXのアプリから東北新幹線のはやぶさ号を予約することは構造上不可能だ。「北へ向かうならえきねっと、西へ向かうならスマートEX」という基本原則こそが、迷いを断ち切る絶対の基準線となる。
