『こころ』は、語り手である学生の「私」と謎めいた「先生」の出会いから始まり、先生が遺した長大な手紙（遺書）によってすべての謎が明かされる重層的な構成をとっています。全体像をスピーディーに把握できるよう、物語を大きく3つのパートに分けて要約します。
【上：先生と私】
大学生の「私」は、鎌倉の海水浴場で不思議な陰を持つ年上の男性（先生）と出会います。知識人でありながら定職に就かず、世間から距離を置いて隠遁生活を送る先生に、私は強い知的好奇心と敬愛の念を抱きます。毎月決まった日に雑司ヶ谷の墓地へ通う先生でしたが、その墓に眠る人物の素性や、自らの過去については決して口を開こうとしませんでした。
【中：両親と私】
大学を卒業した私は、病に伏せる父を看病するため故郷へ戻ります。父の病状が悪化し、危篤状態に陥る中で、明治天皇の崩御と乃木希典大将の殉死という時代の転換点を知らせる号外が届きます。実家が緊迫した空気に包まれる中、東京の先生から分厚い封書が届きます。手紙の末尾に記されていた「この手紙があなたの手に届く頃には、私はもうこの世にはいないでしょう」という一文を目にした私は、危篤の父を置き去りにして東京行きの汽車へ飛び乗ります。
【下：先生と遺書】
物語のクライマックスとなる最終パートは、まるごと先生の手紙の内容で構成されています。かつて親族に遺産を騙し取られ人間不信に陥っていた先生は、下宿先の未亡人（奥さん）の娘である「お嬢さん」に惹かれていきます。そこへ、困窮していた厳格な親友・Kを同居人として招き入れます。やがてKから「お嬢さんが好きだ」と告白された先生は、激しい嫉妬と焦燥感に苛まれ、Kを出し抜いて奥さんに直接お嬢さんとの結婚を申し込み、承諾を得てしまいます。裏切りを知ったKはその数日後、自室で頸動脈を切って自殺。先生はお嬢さんと結婚したものの、生涯消えない罪悪感に苛まれ、最後は自ら命を絶つ決断を下しました。
