京都両洋高等学校の教育構造を理解する上で、まず把握すべきは明確に差別化されたコース編成とそれぞれの難易度です。同校では難関大学合格を標榜する特進系コースから、基礎学力の定着と多様な進路を担保する進学系コース、そして競技力を極めるアスリート系コースまで、生徒一人ひとりの適性に合わせたクラス編成を展開しています。
大手模試データおよび京都府内私立高校の最新入試指標を総合すると、各コースの推定偏差値はおおむね以下のレンジで推移しています。京都両洋高校の入試日程は例年2月上旬に実施され、専願受験と併願受験で実質倍率や合格ボーダーに差異が見られます。公立高校(山城高校、鴨沂高校、鳥羽高校など)との併願先として選ばれるケースが多く、安定した人気を保っています。
入試日程においては、第一志望者を優遇する専願入試と、公立中期選抜を見据えた併願入試で合格判定ラインに傾斜が設けられています。特進コースでの合格点に達しなかった場合でも、進学コースへのスライド合格制度が機能しているため、受験生にとっては過度なリスクを負わずに上位クラスに挑戦できる設計となっています。