お参りの作法にも決定的な違いが存在します。神社では、お賽銭を入れた後に「二礼二拍手一礼（二回頭を下げ、二回手を叩き、最後にもう一回頭を下げる）」を行うのが基本です。パンパンと音を立てて手を叩くのは、神様を呼び出し、自分が邪心のない状態であることを示すための儀式です。
しかし、お寺で手を叩くのは厳禁です。お寺では、胸の前で静かに両手を合わせる「合掌（がっしょう）」が正しい作法となります。静かに目を閉じ、仏様への感謝や祈りを捧げた後、最後に一礼します。お寺で音を立てて拍手をしてしまうと、周囲の参拝者や修行僧の迷惑になるだけでなく、作法としても誤りなので注意が必要です。
