アピオスを一度にたくさん食べた後に発生する胃腸の異変には、明確な生理学的理由が存在します。「体に良いものだから」と油断して食べ過ぎると、消化器系に急激な負担がかかり、アピオスの副作用とも呼べる不快症状が現れやすくなります。
最も多く報告されるアピオスによる下痢や腹痛の背景にあるのが、桁違いに豊富な「不溶性食物繊維」と「サポニン」です。アピオスの食物繊維量はサツマイモの約3倍、ジャガイモの約4倍にも達します。不溶性食物繊維は腸内で水分を吸収して大きく膨らみ、腸壁を刺激して蠕動（ぜんどう）運動を促す働きがありますが、短時間に許容量を超えて摂取すると腸が過剰に収縮し、激しい腹痛や水様便を招いてしまいます。
また、「食後におならが止まらなくなる」という現象もよく知られています。このアピオスを食べておならが出る原因は、豊富に含まれる「難消化性オリゴ糖」と豊富な炭水化物です。これらは小腸で完全に消化・吸収されず大腸へと届き、腸内細菌によって急速に分解・発酵されます。その代謝プロセスで水素ガスや炭酸ガスが大量に発生するため、激しい膨満感や頻繁な放屁につながるのです。
