東京都市大学等々力中学校・高等学校を受験する上で、多くの家庭が直面する疑問が「S特（S特選コース）」と「特選コース」の違いです。単なる学力別のクラス分けにとどまらず、目指す大学群やカリキュラム設計に明確な差異が設けられています。
「S特選コース」は、東京大学・京都大学・一橋大学・東京科学大学（旧東京工業大学）をはじめとする最難関国公立大学、国公立医学部、ならびに早慶上理への現役合格をダイレクトに狙うトップエリートクラスです。授業進度は非常に速く、中3終了時点で高校課程の内容に大きく踏み込むカリキュラムが組まれています。これに対し「特選コース」は、難関国公立大学および早慶・GMARCHレベルへの合格を確実にするため、基礎の徹底定着から発展演習へと段階的にステップアップする構成となっています。
注目すべきは、学年進級時におけるコース変更（入れ替え制度）の存在です。入学時に特選コースであった生徒でも、学期ごとの定期考査や外部実力テストで優秀な成績を収め、本人の強い希望があれば次年度からS特選コースへ昇格することが可能です。逆に、S特選コースの生徒であっても成績不振や学習意欲の低下が見られた場合は特選コースへ降格するシビアな運用が行われています。この健全な競争環境が、中だるみを防ぎ生徒全体の学力底上げにつながっています。
