一度に50尾以上釣れた場合、当日中にすべてを食べ切ることは困難です。その際、適当にポリ袋へ入れて冷凍庫へ放り込むと、冷凍焼けとドリップの流出により身がパサつき、解凍時に強い生臭さが発生してしまいます。品質を落とさないハゼの冷凍保存方法には明確なルールが存在します。
冷凍する際は、必ず「ウロコ取り・頭と内臓の除去・塩揉み洗浄・水気拭き取り」までの下処理を完全に済ませた状態で行います。背開きまたは筒切りにしたハゼを1食分（10〜15尾程度）ずつ小分けにし、空気が入らないようラップで隙間なくぴっちりと包みます。さらにジッパー付き冷凍保存袋に入れ、ストロー等で空気を抜いて真空に近い状態を作り出し、金属製トレイに乗せて急速冷凍させます。この手順を徹底すれば、約3〜4週間にわたり冷凍前の鮮度と食感を維持できます。
また、刺身で食べる際の注意点として、ハゼは河口部や内湾の底生生物（ゴカイ等）を捕食する汽水性魚類であるため、生食する場合は「水質が極めて良好な外洋寄りのポイントで釣れたもの」「生かして持ち帰り、締めた直後の新鮮な大型マハゼ」に限定するのが鉄則です。念のため、目視で筋肉内に異物（寄生虫のシスト等）がないか入念に確認した上で調理を行ってください。
