ペインがここまで過激な手段で「痛み」を押し付けようとした理由を理解するには、背後で六道を遠隔操作していた本体・長門 過去 理由に目を向けなければなりません。長門が歩んだ半生は、五大国が引き起こした忍界大戦の「捨て石」にされた小国・雨隠れの里の悲劇そのものでした。
幼少期、第二次忍界大戦の混乱のなかで、木ノ葉の忍によって両親を誤殺された長門。そのトラウマの極限で無自覚に輪廻眼を開花させた彼は、同じく戦災孤児となった弥彦、小南と出会います。3人は生き抜くために寄り添い、やがて伝説の三忍の一人である自来也と巡り合いました。自来也から忍術の基礎と「憎しみの連鎖を断ち切る平和への意志」を学んだことで、彼らは希望を抱いて独自の平和維持組織「暁」を結成します。
しかし、小国の台頭を恐れた雨隠れの首領・半蔵と、木ノ葉の暗部を率いる志村ダンゾウの謀略により、組織は壊滅。リーダーであった弥彦は、仲間を人質に取られ、長門のクナイに自ら飛び込んで命を絶ちました。弥彦 長門 自来也 関係におけるこの決定的な喪失が、心優しかった長門の精神を完全に破壊し、「言葉による対話では平和は訪れない。人類すべてに同等の痛みを与え、恐怖によって戦争を抑止するしかない」という歪んだ「神の思想」へと彼を変貌させたのです。
