調査の進展に伴い、保全と安全確保を巡る動きも急速に具体化している。佐潟は水鳥の重要な生息地として国際的に認められたラムサール条約湿地であり、その地下構造への無秩序な侵入は、地表のデリケートな生態系や地下水環境に不可逆なダメージを与えかねない。
事態を重く見た環境省は、周辺の生態系モニタリングを強化するとともに、洞窟開口部周辺への一般立ち入りを厳格に制限する方針を打ち出した。また、洞内で古代の土器片らしき人工遺物が発見されたことを受け、文化庁も文化財保護法に基づく緊急の埋蔵文化財包蔵地調査に乗り出している。貴重な自然遺産と歴史的痕跡を後世へ継承するため、現在は厳重な防護柵と監視体制が敷かれている。
