事故が発生したのは深夜のグラウンドでした。寮生活を送っていた運動部の男子生徒3名（いずれも当時高校2年生・16〜17歳）が、グラウンド脇に停められていた整備用の軽乗用車に乗り込み、敷地内を走行。午後11時半頃、車が傾斜やハンドル操作の乱れによってバランスを崩して横転しました。
この事故で最も注目されたのが、助手席または車体周辺に乗っていた17歳の男子生徒の死因です。報道各社および警察の司法解剖結果によると、直接の死因は車体が横転した際に下敷きになったことによる「外傷性窒息」と発表されています。倒伏した車輪やボディに身体が挟まれ、胸郭が強く圧迫されたことで呼吸ができなくなり、搬送先の病院で死亡が確認されました。
運転席にいた生徒およびもう1名の生徒に目立った外傷はなかったものの、現場は激しいパニック状態に陥り、119番通報が行われるまでに一定の時間を要したことも判明しています。
