日本人の食文化に深く根付く納豆ですが、「発酵食品だから腐らない」という言説は明らかな誤解です。生物学的な観点から言えば、納豆の発酵と腐敗の違いは作用する微生物の種類と、生成される物質が人体に無害であるか有害であるかによって区別されます。
通常、納豆は蒸し煮にした大豆に純粋培養された「納豆菌（枯草菌の一種）」を付着させ、約40度の温度下で増殖させて作られます。納豆菌が大豆のタンパク質を分解して旨味成分であるグルタミン酸や粘り物質であるポリグルタミン酸を作り出すプロセスが「発酵」です。納豆菌は非常に繁殖力が強く、他の雑菌を寄せ付けない抗菌ペプチドを分泌するため、適正な管理下では腐敗しにくい性質を持ちます。
しかし、製造後の納豆は10度以下の要冷蔵で菌の活動を冬眠状態（休眠）に抑えることで品質が保たれています。冷蔵庫から出して常温に放置したり、賞味期限を大幅に超過したりすると、抑え込まれていた納豆菌が再び過剰に活動を開始します。これにより自らの酵素で大豆のタンパク質を極限まで分解し尽くす「二次発酵（過発酵）」が進行します。さらに外気から混入した雑菌やカビ菌が繁殖し、アンモニアやアミン類、有機酸といった刺激臭・毒性物質を生み出す現象、これこそが「腐敗」の正体です。納豆菌が優位なバランスを失った瞬間、納豆は健康食品から有害な廃棄物へと変貌します。
