R-1ヨーグルトを飲み始めてから身体にどのような変化が訪れるのか、その期間は「何を目的として飲むか」によって明確に分かれます。医薬品のように即座に症状を抑え込むものではなく、生きた乳酸菌とその代謝産物が体内に働きかけるプロセスを考慮しなければなりません。
まず、便通の乱れやお腹の張りといった腸内環境改善までの目安期間は、早ければ飲み始めてからおよそ2週間から1ヶ月程度で変化を感じ始めるケースが目立ちます。腸内細菌叢（腸内フローラ）のバランスが入れ替わり、善玉菌が優位な環境へと傾くまでに最低限必要な物理的タイムラグが存在するためです。
一方で、多くの利用者が最も期待を寄せるインフルエンザ予防と免疫力向上、すなわちNK細胞の活性化効果に関しては、さらに腰を据えた期間が求められます。株式会社明治が佐賀県有田町などで実施した有名な住民健康調査や各種臨床試験のプロトコルを参照すると、有意な免疫指標の改善が確認された期間はいずれも「8週間から12週間（約2〜3ヶ月）」の継続摂取です。
血液中のナチュラルキラー細胞（NK細胞）の活性や、唾液中の分泌型免疫グロブリンA（s-IgA）の分泌量が安定して高まるには、数週間単位での細胞レベルの刺激と調整が欠かせません。数日から1週間程度飲んだだけで「体質が変わらない」と見切りをつけてしまうのは、生物学的なメカニズムから見ても時期尚早といえます。
