日本の私立大学医学部において、伝統・臨床実績・研究力のすべてで頂点に君臨する「私立医学部御三家」（慶應義塾大学医学部、東京慈恵会医科大学、日本医科大学）。その序列の中でも、慈恵医大はひときわ「臨床力と患者本位のホスピタリティ」において高い評価を獲得し続けています。
同院の医療の根底にあるのは、創設者・高木兼寛が唱えた「病気を診ずして病人を診よ」という哲学です。医学的データや臓器の異常だけでなく、病気を抱える患者自身の生活背景、心理的不安、人生観にまで寄り添う姿勢は、医師のみならず看護部門、コメディカルスタッフ全員に浸透しています。
名医の評判についても、特定のスター医師だけに依存するのではなく、診療科全体が一体となった高度なチーム医療体制が敷かれています。
- 消化器・肝臓内科 / 内視鏡科：消化管早期がんに対する内視鏡的粘膜下層剥離術（ESD）や低侵襲治療において国内有数の症例数を誇り、精緻な手技が高く評価されています。
- 脳神経外科・心臓血管外科：高難度の血管障害や腫瘍性病変に対し、ハイブリッド手術室を駆使した最新のナビゲーション手術を提供しています。
- 整形外科・小児科・総合診療部：脊椎・関節疾患の機能回復手術から、原因不明の症状を解き明かす総合初診まで、幅広い専門医が密に連携しています。
また、葛飾医療センターをはじめとする分院群との連携も強固であり、難度や急性期ステージに応じて最適な医療資源へ患者を迅速にナビゲートする体制が整えられています。
