「小倉美咲さんはなぜ命を落としたのか」「第三者の関与はあったのか」という点については、現在も多くの関心が寄せられています。警察は遺骨の発見後も、殺人や死体遺棄などの事件性と遭難・転落による事故の両面で徹底した現場検証と捜査を行いました。
司法解剖の結果、発見された頭骨や骨の一部には鋭利な刃物による傷や人為的に骨折させられた痕跡は認められず、死因の特定には至りませんでした。また、周辺から不審な車両や第三者が連れ去った明確な物証も見つからず、現在では「道に迷った末の単独遭難・滑落事故」の可能性が極めて濃厚であると結論付けられています。
しかし、「小学1年生の女児が短時間で大人の足でも困難な険しい山道を一人で登れたのか」「失踪直後に救助犬が反応しなかった理由は何か」といった疑問点については、子どもの予期せぬ行動力や当時の気流・天候条件などが専門家によって検証されつつも、完全な足取りの解明には至っていません。
