歴史ファンや研究者の間で長年議論が続いているのが、「豊臣秀頼は本当に秀吉の実子だったのか」という父親の真相をめぐる謎です。秀吉は数十人もの側室を持ちながら、晩年に淀殿との間だけに二人の男子（鶴松・秀頼）をもうけました。秀吉が50代後半という当時としては高齢になってからの誕生であったため、当時から密通の噂が絶えませんでした。
噂の相手として名前が挙がったのが、淀殿の乳兄弟であり大坂城の実力者であった大野治長や、側近の石田三成です。特に大野治長との関係は江戸時代の軍記物などで格好のゴシップとして描かれました。また、秀吉が小柄で痩せていたのに対し、成長した秀頼が「身長約190cm、体重160kgを超える巨漢の貴公子」であったという同時代の記録（イエズス会宣教師や公卿の日記）も、父親別人説を補強する材料として語られてきました。
ただし、近年の歴史学においては、秀吉自身が秀頼の誕生を狂喜乱舞して受け入れ、自らの後継者として疑わずに育て上げた事実を重視する見解が有力です。真相がどこにあれ、秀吉が秀頼を溺愛しすぎたことが、皮肉にも豊臣一族の統制を狂わせる最大の原因となりました。
