中学校選びや進学において最も注目される要素の一つが進路指導です。米沢市立第六中学校の進路実績は、置賜地区のトップ進学校である山形県立米沢興譲館高等学校（普通科・探究科）への合格者を毎年安定して輩出している点に強みがあります。
主な進学先としては、米沢興譲館高校のほか、米沢東高校、再編統合により誕生した米沢鶴城高校（旧米沢工業・旧米沢商業の統合校）、私立の米沢中央高校や九里学園高校など、公立・私立を問わず生徒の適性と希望に応じた幅広い進路選択が実現しています。
校内では定期テスト前の学習相談会や放課後の補習体制、1人1台端末を活用した個別最適な学びが定着しており、学力層の底上げと上位校受験に向けた応用力養成がバランスよく進められています。
