東山中学高等学校の最大の特徴は、生徒の学力到達度や将来の目標、部活動への取り組み度合いに応じて完全に細分化されたコース編成にあります。中学で2コース、高校で3コースが設置されており、それぞれの教育目的と学習カリキュラムは明確に異なります。
中学校の「ユリーカコース」は、最難関国公立大学や医学部現役合格をターゲットにした少数精鋭の特進コースです。先取り学習を基本とし、中学3年次には高校課程の学習内容へとスムーズに移行します。論理的思考力と探究力を養うカリキュラムが組まれており、難関模試でも高い偏差値帯を維持する生徒が集まります。一方の「エースコース」は、難関国公立大や難関私立大を目指しつつ、基礎学力の定着と部活動や学校行事への積極的な参加を両立させるコース設計となっています。
高校段階では、国公立・最難関大を目指す「パスカル」、難関私立大学文系学部を目指す「プラトン」、そして学業と全国レベルのクラブ活動をハイレベルで両立させる「クレセント」の3コース制が採られています。特にクレセントコースは、全国大会常連の強化指定クラブに所属する生徒が多く在籍し、独自のカリキュラムで大学進学への道を切り拓いています。