台風の進路予想円に対象空港が含まれると、航空各社はフライトが実際に欠航する前段階で「特別対応（航空券の変更・払い戻し手数料の免除）」を発表します。この対象便に指定された時点で、たとえ当該便が最終的に運航したとしても、利用者はキャンセル料・変更手数料なしで全額払い戻しまたは別便への振替が認められます。
各社の公式ウェブサイトやアプリでは、運航の見通しが立った段階で「悪天候に伴う航空券の取扱い」ページが更新されます。JALの台風運航状況やANAの運航案内画面で「対象空港」としてリストアップされたら、コールセンターへ電話をかけるのではなく、公式アプリまたは予約確認画面から直接手続きを行うのが最も迅速です。電話窓口は数十分〜数時間の待ち時間が発生し、その間に振替先の座席が埋まってしまうリスクが高いためです。
振替を行う場合、搭乗予定日から30日以内の自社便（または同グループ便）へ手数料無料で変更可能です。また、飛行機における台風時の払い戻しを選択した場合、購入時のクレジットカード口座への返金、またはコンビニ支払い・銀行振込であれば指定口座への送金手続きが案内されます。予約クラスが「変更不可」の格安運賃であっても、特別対応の発令によって一律で無手数料の返金対象へと切り替わります。
