富士山静岡空港を取り巻く議論の中で、開港前から四半世紀にわたって燻り続けているのが東海道新幹線新駅構想の真相です。空港の直下を東海道新幹線のトンネル（牧之原トンネル）が貫通しているという地理的特異性から、「滑走路の真下に新幹線駅を作れば、東京・名古屋と直結する夢の結節点が誕生する」という主張が静岡県側から繰り返し提起されてきました。
しかし、運営主体のJR東海はこの提案に対し、一貫して極めて慎重な姿勢を崩していません。そこには鉄道運行システムとダイヤ管理上の構造的障壁が存在します。東海道新幹線は現在、最大で1時間に「のぞみ12本」を含む17本の高密度運行を実施しています。過密ダイヤの合間に静岡空港新駅へ「こだま」や「ひかり」を停車させた場合、加減速による線区全体のスピードダウンが発生し、東京〜新大阪間の大量高速輸送に致命的な制約を課すことになります。
さらに、地下駅設置に伴う莫大な建設費用（概算数百億円規模）の費用対効果や、リニア中央新幹線開業によるダイヤ再編との兼ね合いなど、乗り越えるべきハードルは山積しています。一部の地域政界では「地方創生の起爆剤」として語られがちですが、鉄道工学および運行管理の冷厳なデータから見れば、現行設備下での早期実現は極めて非現実的なシナリオであるというのが鉄道ジャーナリズムの一致した見解です。
一方、空港運営を巡っては富士山静岡空港赤字問題の現在も注視が必要です。2019年から三菱地所と東急などを母体とする民間企業「富士山静岡空港株式会社」によるコンセッション（運営権売却）方式へ移行し、商業スペースの刷新やコストスリム化が進められました。インバウンド需要の本格回復と国内線搭乗率の向上により営業損失は縮小傾向にあるものの、抜本的な黒字定着には着陸料収入の拡大と非航空系（物販・飲食・テナント）収益の一層の底上げが不可欠な状況です。
