理化学研究所が公表している役職員の報酬水準データによると、常勤職員全体の平均年収はおよそ850万〜950万円の間で推移しています。これは一般的な民間企業の平均給与を大きく上回り、国立大学法人の教授・准教授クラスと比較しても高水準のレンジに位置します。
ただし、理研の給与体系は一律ではありません。特に理研の役職別年収の構造を見ると、ポジションによる開きが極めて明確です。
各ポジションにおける年収の目安は次の通りです。
・チームリーダー（研究室主宰者・PI）：年収約1,100万〜1,600万円
研究室を率いるトップクラスの研究者です。外部資金の獲得実績や論文実績によってインセンティブが加算され、卓越した業績を挙げるシニア研究者の場合は2,000万円近くに達することもあります。
・専命研究員・上級研究員：年収約850万〜1,200万円
プロジェクトの中核を担う中堅・ベテラン研究員です。長年の実績と高い専門性が求められるポジションであり、安定した高給が保証されます。
・基礎科学特別研究員（SPDR）・研究員：年収約500万〜800万円
博士号取得後の若手〜中堅研究者が該当します。成果主義的な契約形態が多く、プロジェクトの予算規模にも左右されます。
なお、理化学研究所のボーナス・賞与は、年俸制が適用される任期付研究者を除き、基本給の約4.0〜4.5カ月分程度が夏と冬の年2回に分けて支給されるのが通例です。個人の評価査定がダイレクトに反映されるため、同年代であっても賞与額に数十万円単位の差が生じます。
