前作「アルゴロジック1」が順次処理やシンプルな繰り返しを主軸としていたのに対し、発展編であるアルゴロジック2 難易度は格段に跳ね上がります。ステージは大きく「初級」「中級」「上級」に分かれていますが、多くの学習者が中級の後半から上級にかけて急激な足止めを食らうことになります。
プレイヤーが難問で詰まる最大の要因は、アルゴロジック2 ループ 条件分岐の複合的な制約にあります。単にロボットをゴールまで誘導するだけであれば、命令ブロックを長く繋げば誰でもクリア可能です。しかし、本作には「使用できるブロックの最大数」が厳格に定められており、無駄な命令を1つでも挟むと規定数オーバーで失格となる仕様になっています。
特に上級ステージでは、ロボットの足元にある床の色（赤・青・黄など）をセンサーで感知し、「もし床が青なら左へ曲がる」「黄色ならブロックを回収する」といった条件分岐をループの中に多重配置するネスト構造が要求されます。頭の中だけでロボットの軌道をシミュレーションしようとすると、方向感覚の混乱やループ終了条件の見落としが発生し、いわゆる「論理の迷子」に陥ってしまうのが典型的な失敗パターンです。
