食材選びと同じくらい重要なのが、詰め方と持ち運びの物理的コントロールである。特に「保冷剤の位置」と「ご飯を冷ます理由」については、物理学および細菌学の観点から明確な正解が存在する。
まず、お弁当のご飯を徹底的に冷ます理由は二つある。一つは、細菌が最も爆発的に増殖する危険温度帯（20℃〜40℃）を一刻も早く通過させるためだ。温かいままフタを閉めると、容器内部の熱が逃げず、数時間にわたって菌の最適生育環境が維持されてしまう。もう一つの理由は水滴の防止である。温かい湯気はお弁当箱の内蓋に結露し、純粋な水滴となって食材に滴り落ちる。この水滴がお弁当内の水分活性を急上昇させ、食材の防腐バリアを破壊してしまうのだ。ご飯を詰めた後は、保冷剤を敷いたバットの上に置いたり、扇風機や団扇の風を当てたりして急速に熱を奪い、完全に冷え切ってからフタを閉めるのが科学的な正攻法である。
次に、保冷剤をどこに置くかという問題である。SNSやネット上では「お弁当箱の下に敷く」例を頻繁に見かけるが、これは物理学的に大きな誤りである。冷たい空気は比重が重いため上から下へと下降し、温かい空気は下から上へと上昇する。そのため、保冷剤をお弁当箱の下に敷いても、お弁当の上部やフタ周辺に熱がこもり、冷気はお弁当全体に行き渡らない。正解は「お弁当箱の真上」に保冷剤を置くことである。上部に保冷剤を配置し、さらに全体を保冷バッグ（アルミ蒸着構造）で密閉することで、お弁当箱の周囲に対流による均一な冷却空間が形成される。
