離島航路において避けて通れないのが、波浪や強風による欠航問題です。せっかく予約を取っても島に渡れなかったり、帰りの便が出なくなったりしては旅程が狂ってしまいます。特に神津島は外洋の影響を受けやすく、事前のリスク管理が極めて重要です。
最新の神津島フェリー欠航状況を把握する上で知っておくべきは、島内に2つある主要港の存在です。島の中心街に近い西側の「前浜港（神津島港）」と、天上山の裏手に位置する東側の「多幸湾（三浦漁港）」があります。西風やうねりが強く前浜港に船が接岸できない日でも、風裏になる多幸湾へ発着地を変更して運航を維持するケースが多々あります。船の入港港が決まるのは当日の朝ですが、港が変更になった場合でも村営バスが船の発着に合わせて連絡運行するため移動の心配はありません。
船種ごとの就航率で見ると、波高が3メートルを超えると高速ジェット船は安全基準により欠航しやすくなります。一方で大型客船さるびあ丸は荒波に強く、「条件付き就航（現地の状況次第で引き返す可能性がある運航）」になりながらも無事接岸できる確率が一段と高くなります。台風シーズンや冬場の西風が強い時期に旅行を計画する際は、欠航リスクの低い大型客船を優先するか、日程に余裕を持たせたスケジューリングを組むのが賢明です。
