PayPayで自動車税を納付する際、最もトラブルになりやすいのが「車検時の納税確認」をめぐる問題です。コンビニや銀行窓口で支払うと受け取れる領収日付印付きの「納税証明書（継続検査用）」ですが、PayPayを含むスマホ決済では紙の証明書が発行されません。
現在、普通自動車は「自動車税納付確認システム（JNKS）」、軽自動車は「軽JNKS」が全国運用されており、運輸支局や軽自動車検査協会の窓口で電子的に納税確認が行われます。そのため、原則として紙の納税証明書を提示する必要はなくなりました。
しかし、ここで見落としてはならないのが「納付データがシステムに反映されるまでのタイムラグ」です。PayPayで納付手続きを完了してから、行政側のシステム（JNKS）に情報が反映されるまで、自治体によって数日〜最大3週間程度のラグが生じます。
特に自動車税の納期限がある5月下旬から6月上旬にかけて車検の満了日を迎える車両は要注意です。システム未反映の段階で車検を受けようとすると納税証明が確認できず、車検手続きがストップしてしまう恐れがあります。納付から車検まで1ヶ月未満の猶予しかない場合は、金融機関やコンビニ窓口で現金納付し、紙の納税証明書を手元に確保するのが最も安全な回避策です。
