本作の最大の謎として視聴者を牽引したのが、「なぜ馬場亜矢子は35歳で高校に編入したのか」という動機と、「スクールカースト制度を裏で操っていた黒幕の正体」でした。
物語の終盤、スクールカーストランキングを教室内に配布し、生徒同士を監視・密告させていた黒幕が阿久津涼（山﨑賢人）であったことが判明します。阿久津は過去の家庭環境や学校社会の欺瞞に対して深い憎悪を抱いており、「人間は序列をつけなければ生きられない醜い生き物だ」という歪んだ信念のもと、クラスを崩壊へ追い込もうとしていました。
一方、主人公・馬場亜矢子（米倉涼子）が35歳にして復学した真相も明かされます。亜矢子はかつて高校生だった18年前、親友だった黛由紀子（上白石萌歌）が教室内の壮絶ないじめに遭っていた際、周囲の同調圧力に屈して助けることができず、親友が自死未遂に追い込まれるという悲惨な過去を背負っていました。その罪悪感から高校を中退し、引きこもり生活を送っていた亜矢子は、教育長の阿久津月造（渡哲也）の支えによって「止まってしまった自分の時間を取り戻す」ために再び高校の門をくぐったのでした。
最終回では、阿久津涼が校舎を占拠し、クラスメイトたちを巻き込んだ暴走を企てます。しかし亜矢子は体を張って阿久津と対峙し、彼が心の奥底に抱えていた孤独と痛みを正面から受け止めます。かつて1軍の頂点に君臨していた土屋正光（菅田将暉）らも己の傲慢さとカーストの虚しさに気づき、クラスは分断を乗り越えてひとつに結束。亜矢子は無事に卒業証書を受け取り、生徒たちに見送られながら新たな一歩を踏み出しました。
