騒動の拡大を受けて、製造元を管轄する埼玉県蕨保健所が即座に立ち入り調査を開始した。保健所の環境衛生監視員は、問題のおにぎりが作られた工場内の防虫・防鼠体制、清掃記録、ラインの密閉性を細部にわたり検証した。
調査の結果、工場の給排水設備や建物の僅かな隙間から害虫が進入し、製造後の包装プロセス周辺に紛れ込んだ可能性が浮き彫りとなった。埼玉県蕨保健所は事業者に対して衛生指導を行い、殺虫・防虫設備の再構築および防虫防護構造の強化を要請。大量生産システムにおける目視点検の限界という構造的課題が突き付けられた瞬間だった。
