ビオフェルミンの恩恵を確実に享受するためには、「いつ」「どのように」飲むかが極めて重要な要素となります。生菌製剤である以上、生きたまま腸に届ける確率をいかに高めるかが勝負の分かれ目となるためです。
結論から言えば、ビオフェルミンを飲むタイミングは「食後」が鉄則です。
乳酸菌やビフィズス菌は熱や酸に弱い性質を持っています。胃の中が空っぽの「食前」や「空腹時」は、胃酸の酸性度（pH）が1〜2という強酸状態にあり、菌の多くが胃酸によって死滅してしまいます。しかし、食事を摂取した直後の胃内は、食物によって胃酸が中和されpHが4〜5程度まで上昇します。この胃酸が薄まったタイミングで服用することで、生菌が死滅せずに腸まで到達できる生存率が飛躍的に高まります。
また、服用期間の目安として知っておくべきは、「1ヶ月ルール」です。新ビオフェルミンSの添付文書にも記載されている通り、1ヶ月位服用しても症状がよくならない場合は、漫然と飲み続けるのを中止し、医師や薬剤師に相談することが推奨されています。1ヶ月継続しても便通や腹部症状に改善が見られない場合、その菌種が自身の腸内フローラと合致していないか、器質的な大腸疾患（ポリープ、炎症性腸疾患、大腸がんなど）が隠れている可能性があるためです。
