最終回に向けて多くの視聴者を釘付けにしたのが、原作マンガ（原作：金城宗幸、作画：荒木光）と実写ドラマ版における結末の改変です。なかでも新田真剣佑 市橋役 結末の真相は、ドラマ版において最も胸を抉るエピソードとして語り継がれています。矢波高の頂点に君臨していた市橋は、爆破によって右足の機能を奪われ、不良仲間からも見限られて孤立無援となりました。トビオと奇妙な友情関係を築き、絶望の淵からリハビリを経て生き直そうとした矢先、自分を気遣ってくれた蓮子への叶わぬ恋心や、身体が元に戻らない現実、そしてトビオが爆破の真犯人であるという確信が彼を精神的に追い詰めました。第8話のラスト、病院の屋上からトビオの目の前で飛び降り自死を遂げたシーンは、実写ならではの圧倒的な悲劇として刻まれています。
迎えた最終回では、罪悪感に耐えかねたトビオたちが自分たちの罪を社会に公表すべく、動物マスクを被って野外音楽イベントのステージに乱入。「僕たちがやりました！」と叫んで白昼堂々の自首を試みます。しかし、パイセンの実父・輪島の差し金による謎の暴力集団に襲撃され、イベントの混乱に乗じて警察と政治の力で事件そのものが「単なる若者の悪ふざけ」として処理されてしまいます。テロの首謀者として法廷で裁かれることすら許されず、パイセンだけが別件の殺人容疑で服役し、残された3人は無罪放免のまま社会へと放り出されました。
僕たちがやりました ドラマ 最終回 ネタバレの真骨頂は、事件から10年後のエピローグにあります。マルはキャバクラなどを経営する小金持ちになり、伊佐美は新里今宵（川栄李奈）と結婚して2児の父親となり、刑期を終えたパイセンは売れない芸人を目指しながら生き延びていました。トビオ自身も会社員として働き、新たな女性と婚約して表面的には幸福な人生を取り戻したように見えます。しかし、ふとした日常の中で、彼らの脳裏には爆死した10人の被害者の幻影が鮮明に蘇ります。「法で裁かれなかった罪」は消えることなく、幸せを感じようとするたびに激しい罪悪感が心を締め付ける――。死刑や服役よりも過酷な「一生死にたいと思いながら生き続ける精神の無期懲役」こそが、ドラマ版が提示した戦慄の着地点でした。
