本作『ブレインロットを盗む』におけるシークレットキャラは、通常のガチャや拠点生産では決して手に入らない。特定のマップイベント、サーバー限定の超常現象、あるいは他プレイヤーの金庫が特定の条件下で開放された一瞬の隙を突くことでしか奪取できない特殊仕様だ。現在コミュニティで存在が確認されている激レアシークレットキャラと、その出現条件は以下の通りである。
まず、サーバー内の天候が「ゴールデンタイフーン」に変化した際のみ超低確率で出現する「ゴールド・トイレットマン」。奪取に成功すると所有者の移動速度が永続的に1.5倍となる強力なパッシブ効果を持つ。次に、マップ中央の巨大ポータルから突如ポップする暗黒系ユニット「Void Skibidi」。さらに、「イタリアン・ブレインロット」系の限定ミームアイテムを5個同時に合成することで召喚される隠しボスキャラ「イタリアン・キング」は、周囲の敵プレイヤーの操作を一定時間停止させる凶悪なスキルを秘める。
これら全キャラのコンプリートを目指す上で、最も効率的な入手方法は「サーバーのリセット周期」と「防衛の隙」を狙う立ち回りだ。出現前兆となる雷鳴や画面のグリッチノイズが発生した瞬間、自身の防衛を一時的に捨てて出現ポイントへ全速力で急行する。奪取直後の30秒間は無敵スキルやダッシュ系アビリティを惜しみなく投入し、自基地の金庫へ叩き込むスピード勝負が勝敗を分ける。