ドラマ最終回において、最も視聴者の涙を誘い、同時に哲学的な議論を呼んだのが主人公・田村心の死亡でした。過去（1989年）において、正志が文吾を刺し殺そうとした瞬間、心は自らの身体を投げ出して身代わりとなり、命を落とします。
心が命を賭して事件を食い止めた結果、音臼小の無差別毒殺事件は未然に防がれ、文吾の冤罪は完全に消滅しました。そして時は流れ、改変された「令和の現代」が描かれます。そこには、死刑囚の家族としての苦難を一切経験せず、佐野家の次男として健やかに成長した「もう一人の心」が存在していました。教師となった心は、前世界線で妻だった由紀（記者ではなく学校の同僚）と再び出会い、婚約を結びます。
ここでタイトルである『テセウスの船』という古代ギリシャのパラドックスが鮮やかに回収されます。「ある船の古くなった部品を全て新しい部品に交換したとき、それは元の船と同じ船と言えるのか？」。命を落としたタイムスリッパーの心と、平和な世界で生まれ育った新たな心。記憶は継承されていなくとも、文吾が肌身離さず持っていた結婚指輪の刻印や、家族が受け取った愛の形を通じて、「形を変えても家族の魂は同一である」という力強いメッセージが提示されたのです。
物語全体に張り巡らされた主要伏線の回収一覧
- ワープロの犯行日記：小学生離れした語彙で綴られていたが、正体は加藤みきお。大人びた文章力と冷徹な心理描写が、少年の異様な知能の高さを裏付けていた。
- カモフラージュされたオレンジジュース：宿泊会当日、あらかじめ別の場所に毒入りジュースを用意し、文吾の警戒網をすり抜けるトリックが成立していた。
- 田中正志の無害な村人フェイス：霜降り明星・せいやのキャスティング自体が最大のミスディレクション（目くらまし）として機能し、終盤の豹変劇のインパクトを倍増させた。
- 佐野鈴の顔の火傷と改名：過去が改変されたことで、鈴が顔を変えて生きる悲劇的な未来そのものが完全に消滅した。
