『百億の昼と千億の夜』に対する読者や批評家の評価は、初出から現在に至るまで極めて高い水準を維持しています。星雲賞をはじめとする数々のSFアワードの文脈でも常に言及され、日本のスペースオペラおよび終末論SFの到達点として扱われています。
特に評価されている点は、「仏教的輪廻・無常観」と「現代天文学・エントロピーの法則」の完璧な合一です。西洋的な一神教的世界観とは異なり、神すらもシステムの部品として滅び去るという東洋的ニヒリズムを、硬質なSFガジェットと壮大なビジュアルで見事に描き切りました。
後世のクリエイターに与えた影響も計り知れず、80年代〜90年代の本格SFアニメブームや、現代のダークファンタジー・ポストアポカリプス作品の源流としても本作の遺伝子が脈々と受け継がれています。
