「what do you mean」の基本的な意味は、相手の発言や意図を再確認するための「どういう意味ですか?」「どういう意図でおっしゃっていますか?」という質問です。文法構造を分解すると、「What(何を)+ do you mean(あなたは意味・意図していますか)」となり、相手の「mean(意図・本心)」に直接フォーカスする疑問文であることがわかります。
映画のセリフや日常会話で頻出するフレーズですが、日本語の「どういう意味?」と同じく、相手の言葉が聞き取れなかったときだけでなく、言っていることの論理が理解できないとき、あるいは相手の態度に疑問を抱いたときなど、幅広いシチュエーションで使われます。