クラブ遊びで最も気になるのがエントランスでの出費です。渋谷ATOM料金システムは、曜日（平日・週末・祝前日）や入場する時間帯、性別によって細かく設定されています。
一般的な料金目安として、女性は早い時間帯（22時〜24時頃まで）の入場であれば入場無料〜1,000円前後（ドリンクチケット付き）で遊べるキャンペーンが日常的に展開されています。一方、男性の通常当日料金は平日で2,000円〜3,000円、週末（金曜・土曜・祝前日）は3,500円〜4,000円程度が標準相場です。
少しでもお得に入場したい場合に必ず活用したいのが、渋谷ATOMゲスト割引や公式LINEのメンバー特典です。事前にレギュラー出演DJやプロモーターのゲストリスト（紹介枠）に登録しておくか、公式SNSをフォロー・友だち追加してディスカウント画面を受付で提示することで、男女ともに500円〜1,500円程度の割引が適用されます。
また、ATOM TOKYO営業時間は基本的に22:00〜翌4:30（イベントや曜日により変動あり）となっており、終電前の23時台までに入場する「アーリーエントリー」を活用するのが最もコストパフォーマンスの高い入場方法です。
